Bom dia, amigo!
Dependendo de como esteja seu progresso, creio que seja só retornar pra casa e falar com sua mãe (não tenho certeza se isso ainda está disponível). Contudo, a partir da 4ª insígnia é só ir no porto da região que você estiver. Sobre os Pokémon, eles ainda permanecem com você, mas respeitando o nível de obediência de acordo com a quantidade de insígnias na região.